台灣百合的果莢平均種子數約為1500-1900粒(許，1977)，屬於種子豐產者。種子發芽適溫依族群之特性不同而有所差異(許，1977)。高海拔2000公尺採得的族群發芽適溫範圍很大(4一25℃)，在9-20℃恆溫箱內，於2-4週內可得到高發芽率(超過95%)。低海拔200公尺的族群發芽溫度範圍較窄(14一22℃)，在較高溫度時，需要光線以促進發芽速率，於3-4週完成發芽。與冷溫型的鐵砲百合種子發芽溫度為4一18℃比較，台灣百合屬暖溫型。種子繁殖可減除病毒之傳染，較易生成健康幼苗，而台灣百合自交親合性強，結子率(果莢內有胚種子數)在60-90%間，極易以種子繁殖下一代，此特性對栽培及育種之利用深具價值。