【１】遊戲一開始要先選擇男主角還是女主角《上是男主角、下是女主角》，接著是選擇名字。故事開始後，玩家會發現自己在一輛車內，下車後、進入主角家裡上２Ｆ對牆上時鐘調時間，調完後就可以出門了。

【２】離開主角家後到隔壁的房子內上２Ｆ後、發現副主角說完話就離開了。

【３】離開村子往北走時，會看到博士被一隻神奇寶貝追逐。博士會要你從他掉落的公事包選一顆寶貝球來幫助他。選完後便進入戰鬥。打贏後，博士帶你回他的研究所、並且將剛剛你使用的神奇寶貝送給你。

【４】接下來離開村子往北方１０１號道路走，就來到了Ｂ市《古辰鎮》，Ｂ市往北方１０３號道路走、走到盡頭會發現副主角並且和他戰鬥，打贏後回到Ａ市《未白鎮》博士的研究所，博士會送你神奇寶貝圖鑑，副主角會送你神奇寶貝球五顆。

【５】回主角家時發現媽媽站在門口，和她說話可得到慢跑鞋。以後按Ｂ就可以跑步了。

【６】接下來往Ｂ市《古辰鎮》的西方１０２號道路前進來到了Ｃ市《橙華市》。進入道館裡有一位先生要教你如何捕捉神奇寶貝，教學完後回道館發現要先拿到四個徽章才能挑戰。

【７】離開Ｃ市《橙華市》往西北方的１０４號道路前進，進入森林後發現有一個人在找一種蘑菇神奇寶貝，此時邪惡團體《紅寶石：火岩隊／藍寶石：水艦隊》出現並且和你打，打贏後就逃跑。那個人為了感謝你送你一顆寶貝球《超級球》。出森林後向左邊的男生說話可得招式機０９，而上方有花店，進入花店和人說話可得澆水器。接下來一直往上就到Ｄ市《卡那茲市》了。

【８】進入卡那茲市左邊的房子和男子談話可以得到秘傳招式０１一字斬，可以用來砍樹。進入神奇寶貝中心右上方的神奇寶貝學校和老師談話可得到先制之爪。

【９】接下來就可以在卡那茲市打道館，道館訓練家是杜娟，她是用岩石系的神奇寶貝，打贏後可以得到徽章和招式機３９。

【１０】一走出道館發現邪惡團體的人往北跑，有個男的在追他、往右上方去找他和他說話，原來是他的東西被偷了，要求你幫他找回來。往１１６號道路的洞窟前進，進入洞窟前入口處有個老人，他的神奇寶貝被偷了並且拜託你將他的神奇寶貝救回來。

【１１】進入洞窟後發現邪惡團體《紅寶石：火岩隊／藍寶石：水艦隊》，和他打完後便歸還物品和神奇寶貝。老人此時就帶他的神奇寶貝回去了，這時回到Ｄ市《卡那茲市》，那個被偷東西的人就會送你一顆寶貝球《超級球》，並且帶你到一個房子去見德文股份有限公司的社長茲伏奇，他會送你口袋領航員，以後就能看地圖了，還有要你送信給他兒子大吾。《在第二道館山洞裡》。

【１２】Ｄ市《卡那茲市》往下走時會看到副主角他說看到有個老人帶一隻神奇寶貝往下走，於是往回走穿越森林後進入海邊旁的屋子，和那個老人說話、選擇是的話就會戴你到Ｏ島《武鬥島》。

【１３】在武鬥島的道館旁有一個人，和他說話可得到爛釣竿。進入武鬥島西北方的山洞裡和入口處的胖子說話可得秘傳招式０５閃光。此時先回武鬥島去打第二家道館。

【１４】第二家道館道館訓練家是藤樹，他是用格鬥系的，打贏後就能得到徽章和招式機０８。這時回到剛才的洞窟中，到洞的最深處《要利用到閃光》找到收信人大吾，把信給他就送你招式機４７。

【１５】去和載你一程的老人說話可選擇要去的城市，接下來要去Ｆ市《凱那市》『選擇中間選項』。到Ｆ市後到選美會的房子裡《凱那市最左上方的房子》和一個小女孩說話可得糖果盒。進入更裡面和左下方的人談話可得招式機４１《可以用這做秘密基地：石屋》。

【１６】進入凱那市的造船廠和所有人談完話後進入上方的博物館。進入博物館《要５０元》與前面的邪惡團員說話可得招式機４６，這時上２Ｆ和一位博士說話，這時邪惡團出現，將邪惡團打跑後就可以了。

【１７】離開凱那市往北方的１１０號道路走，路上有一個忍者小屋，每打完一個道館就能進入挑戰一次，每次都能得到不同道具。路上還會碰到副主角，打贏他就能得到寶物探測機通過１１０號道路後就來到了Ｇ市《紫堇市》。

【１８】進入紫堇市的腳踏車店，老闆會送你腳踏車《上是神速車，起步慢但很快，只要不撞到速度就能超快／下是跳躍車，輕但不快，按Ｂ能把頭拉起來跳石階》。進入紫堇市商店右邊的房子和人說話可得秘傳招式０６碎岩。

【１９】回到Ｆ市《凱那市》『可利用腳踏車道回去』到凱那市的商店買一種信紙『選單最後一個就是了』然後回到紫堇市，進入紫堇市商店左邊的房子和一位女生說話可用信紙換得代幣盒《就能在遊樂場玩小遊戲》。

【２０】到Ｇ市《紫堇市》的道館發現之前教你抓神奇寶貝的男生在那裡，和他戰鬥完後就能挑戰道館了。這家算是你的第三家道館，是使用電氣系的，打贏後可得徽章和招式機３４。

【２１】往Ｇ市《紫堇市》西方的１１７號道路走就到達Ｅ市。到E市的選美大會的房子內和右上角女生說話可得招式機４５，這裡也是選美大會的普通級比賽地。

【２２】進入Ｅ市上方的洞窟，有二個人被石頭隔開了，幫他們把石頭弄碎後，其中一個人會送你秘傳招式０４怪力。回到Ｅ市後再走回Ｇ市《紫堇市》。

【２３】往Ｇ市《紫堇市》北方１１１號道路前進，途中經過一間房子並且和裡面的人進行四連戰，打完後進屋內和一位女子談話可得石膏腳《速度下降、其它能力值上升》。繼續往北走，但是因為風沙太大無法前進，所以只能轉向西方的１１２號道路前進。由於纜車入口被邪惡團擋住了，只能進入旁邊的山洞前進。

【２４】山洞出來後往右走發現已經繞過沙漠了，繼續往北走、有一個人面對大樹，和他說話可得招式機４３《可以用這做秘密基地：樹屋》而右邊房子可以讓神奇寶貝恢復體力。繼續前進便進入１１３號道路，路上有一個可疑小土堆，可得招式機３２，繼續前進便來到了Ｉ市《秋葉鎮》。

【２５】到Ｉ市《秋葉鎮》後，往左走、進入１１４號道路前有一個房子，進入和一個小不點說話可得招式機２８。而屋子左下方有一隻神奇寶貝和一個老人，和他說話可得招式機０５。繼續沿著１１４號道路往下走，會進入一個山洞、往左走會發現邪惡團、正要開打時另一個邪惡團也跑來，最後二個都會走掉。再往左走、上面可拿月之石，往下就出山洞。繼續往下便回到Ｄ市《卡那茲市》。

【２６】接下來通過１１６號道路，Ｅ市、１１７號道路，Ｇ市《紫堇市》。到Ｇ市《紫堇市》往上走轉１１２號道路，這時發現纜車入口沒人阻擋了，於是前去坐纜車到山頂。到山頂發現火岩隊和水艦隊都在互相打鬥，往左上走會發現首領在那裡，打敗他後他就逃了，另一個邪惡團首領對你說謝謝後就走了。這時就可以把隕石拿走了《之前邪惡團首領面對的機器》。

【２７】接著往下走後便來到Ｈ市《釜炎鎮》。Ｈ市《釜炎鎮》的神奇寶貝中心左邊溫泉區和一位老婆婆說話可得一顆蛋《以後會孵化成小果然翁》，Ｈ市道館右邊第一間房子裡和一個老人說話可得木炭《增加火系威力》。接下來就準備打道館了，這家道館是用火系的，打贏後可得到徽章和招式機５０。

【２８】從道館出來後會遇到副主角，他會給你能通過沙漠的工具。這時到之前纜車入口旁的山洞裡，把石頭搬開的話可拿招式機０６和火之石。回到Ｉ市《秋葉鎮》，到Ｉ市《秋葉鎮》左下邊的工廠給一個人隕石他就送你招式機２７。

【２９】回到之前無法進入的沙漠，最右上角有二個化石，只能選一個、左邊：岩┼草系／右邊：岩┼蟲系，可以拿到Ｄ市道館左邊大樓２Ｆ的一個博士過一些時間就能孵化給你了，記得要去拿。沙漠深處有招式機３７可以拿。

【３０】這時已經有四個徽章了，回到Ｃ市《橙華市》去打那家道館，這家是普通系的，打贏後可得到徽章和招式機４２，接著到道館左邊的房子進入和人說話可得到秘傳招式０３衝浪，可用來游泳渡水，這時跑回Ａ市和媽媽說話可得禦守小判《持有者戰鬥能拿兩倍錢》。

【３１】回到Ｇ市《紫堇市》這時發現第三道館的館長在外面閒晃，和他說話能得到發電廠鑰匙。Ｇ市《紫堇市》下面腳踏車步道下方的水域右上方有個山洞，用鑰匙進入後進入無人發電廠，到最深處按下紅色按鈕就可以回去了，記得右邊有雷之石可拿。回到Ｇ市《紫堇市》後，和在外晃的館長說話，他會送你招式機２４。

【３３】到１０８水道上的船去，裡面有招式機１３可以拿。《裡面還有更多寶物須解開很多秘密才能拿到》。

【３３】回到Ｇ市《紫堇市》往１１８號道路走，渡過水後看到一個釣魚人，和他說話可得普通釣竿。繼續往右會來到１２３號道路，這有很多樹果可拿，接下來往左轉向１１９號道路前進。

【３４】１１９號道路前進到最上方時發現右邊的橋被邪惡團擋住，先進入左邊的大樓把所有的邪惡團都打敗後，他們就逃了《大樓１Ｆ左邊的床可休息》。博士為了感謝你會送你一隻神奇寶貝《牠身上會帶能使水系增加威力的道具》。過橋後往下然後順流游下去能拿到葉之石。

【３５】當你過橋準備往上時會被副主角叫住並且和你戰鬥，打贏後會送你秘傳招式０２飛天。再往前走就來到Ｊ市《茵鬱市》。

【３６】Ｊ市《茵鬱市》上方第二個屋子和老婆婆玩猜謎，贏三次可得招式機１０，Ｊ市道館被不知名的東西擋住了，這時先往右方１２０號道路前進，過橋時發現有一個人站在那裡，和他說話他會給你噴霧器，就能把擋住道館的變隱龍現身了《把牠打跑或收服》。這下就能打道館。

【３７】Ｊ市《茵鬱市》的道館是第六家道館，是用飛行系的，打贏後可得徽章和招式機４０，接下來往１２０號道路前進，之前那個橋的下面水域有個山洞，裡面有招式機１１可以拿。一直沿１２０號道路走，接１２１號道路繼續前進，走到岔路時發現邪惡團的人往下跑了，先不理他們，先往右走就來到了Ｋ市。

【３８】到Ｋ市先補充體力後準備前往邪惡團逃跑的地方，往回走到剛才的岔路往下方的１２２水道前進岔路上方有狩獵場，花５００元就有３０顆球讓你去抓。

【３９】１２２水道中間有一個島，先繞過島往下來到１２３道路上，在樹果群旁有一個女生，如果和她交談可得招式機１９。

【４０】回到之前的島，那是海中神奇寶貝墓場，內部打到頂樓可拿招式機３０，接著去外部、外部有些墓碑有寶物可拿。一直往上走會發現邪惡團《途中可撿到招式機４８》，全打完會和他們的老大說話然後就走了，而老夫婦就會送你一個寶石。《和封面神獸有關》

【４１】回到Ｋ市後發現副主角在百貨公司門口，和他說話便要求你和他打一場。打完後他就走了，用飛天飛回Ｆ市，發現Ｆ市的碼頭《神奇寶貝中心右上方》很多人上前談話後此時突然裡面出狀況，進入後發現邪惡團把潛水艇偷走了。

【４２】趕緊回到Ｋ市，到Ｋ市右上方的洞裡，這是邪惡團的基地，裡面有很多人等著你打，也有天王球可以拿！打到最裡面會發現邪惡團的高級幹部，打贏後潛水艇又跑了。這時出基地後右邊的水道可以通行了，於是就沿著１２４／１２５水道便來到Ｌ市。

【４３】在Ｌ市左上方的屋子中會遇到之前一直幫助你的人，和他說話會給你秘傳招式０８潛水。神奇寶貝中心左邊樹中有一個人，和他說話能得王者之証。Ｌ市右上方的小房子和人說話可得超級釣竿。而再往右邊的大樓裡的一樓和其中一個人說話可得太陽之石。

【４４】接下來就是去打Ｌ市的道館了，館長是雙胞胎、用的是超能力系的。打贏後可得徽章和招式機０４。

【４５】到１２７水路上用潛水進入海底《有深藍色海水的地方》，一直走會發現一個小洞，進入後發現潛水艇，這時就浮上水面，進入山洞後、會有很多邪惡團的人，一直打到山洞最深處《途中有招式機２６可拿》，會發現邪惡團的老大和封面神獸，和老大打完後神獸也跑掉了，此時另一個邪惡團也跑來，出洞後發現世界起了變化《紅寶石版：大晴天／藍寶石版：大雷雨》，二個邪惡團首領說幾句話後就都跑了，這時之前幫助你的人出現並且和你說叫你去Ｍ市，說完話就走了。

【４６】要到Ｍ市要潛水過洞後才能到《附近有白色石頭的地方潛水》。到Ｍ市後到，再Ｍ市後方的山洞，此時那個好人和第八家道館館長在那等你，他要你進入山洞去解決神獸。到山洞最深處就發現神獸《途中可拿秘傳招式０７爬上瀑布》，把牠收服後世界就回復了。

【４７】出洞後就可以打這家城市的道館，之前的好人擋在門口，說完話就走了。這家道館是水系的，打贏後可得徽章和招式機０３。這城市的左上方民宅裡和人說話可拿招式機３１。

【４８】到之前的海中神奇寶貝墳場外面頂部，發現邪惡團首領在那裡，他說他不想改變世界了，說完話就走了。老夫婦會和你述說以前的故事。

【４９】這時往１２９／１３０／１３１號水道一直左走可來到Ｎ市。Ｎ市左下方和人說話可拿招式機２７，而正下方的屋子可以拿美麗花換太陽珊瑚。再往左游會有潮流區，途中也有寶物可拿。

【５０】回到１２８水道，往右走後用爬瀑布爬上去，接下來進入山洞，裡面也有很多訓練家要打，途中也可拿到招式機２９，要出洞口前會遇到之前綠頭髮的小孩，和他打完就能出洞口了。

【５１】進入大屋子後就是要打五天王。第一個天王是用邪惡系的，使用格鬥系的招式會比較好打。第二個天王是用幽靈系的，使用邪惡系的招式對抗。第三個天王是用冰系的，用雷系和格鬥系比較好打。第四個天王是用龍系的，用冰系的絕招比輕鬆過關。最後一個天王竟然是之前常幫助你的人，他使用的是鋼系的神奇寶貝，用火系絕招過關。打完後就破關囉！

【５２】破關後會出現在自己家中，下樓後爸爸會給你船票後就走了。此時去收看電視知道有神秘的神奇寶貝出現。船票到Ｆ市，Ｋ市碼頭可到戰鬥塔去。而此時進入各地方草叢有機會碰到紅寶龍或藍寶龍《紅寶石版：紅寶龍／藍寶石版：藍寶龍》。

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神奇世界-神奇寶貝