神奇寶貝 金・銀版（ポケットモンスター　金・銀‎）：使用GB或GBC主機，1999年11月21日發售。
　

　神奇寶貝 水晶版（ポケットモンスター クリスタルバージョン‎）：使用GBC主機，2000年12月14日發售。
　

　神奇寶貝數目：城都圖鑑251種/全國圖鑑251種 。
　

　新增神奇寶貝數目：100種 。
　

　初選神奇寶貝：菊草葉、火球鼠、小鋸鱷 。
　

　傳說神奇寶貝：雷公、炎帝、水君、洛奇亞、鳳王 。
　

　幻之神奇寶貝：雪拉比。
　

　反派組織：火箭隊殘黨。
　

從此代開始，神奇寶貝有自己的性別，可以繁殖新的神奇寶貝。
屬性相剋出現變化，也增加了惡系和鋼系。神奇寶貝也有親密度，這是某些神奇寶貝進化的關鍵。
戰鬥方面，防禦能力分開了兩項--物理防禦和特殊防禦。
另外值得一提的是，從水晶版開始，主人公變成有男女各一位可以選擇，
也是神奇寶貝正傳首款擁有動作的作品（動作直到綠寶石版才成為慣例）。
　

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神奇世界-神奇寶貝